В этой игре воплотился фантастический мир знаменитого романа братьев Стругацких. Игрок переносится на планету, которая пережила ядерную катастрофу. Здесь искалеченная природа несет гибель, а главные враги - боевые машины и биологические существа, которых изменила жизнь на радиоактивной земле. "Обитаемый остров" - это глубокая игровая вселенная, в которой действия врагов логичны, движения предметов подчиняются законам физики, а боевые действия ведутся так, как будто это происходит в реальной жизни.

Главный герой - пилот Группы Свободного Поиска по имени Максим Каммерер - приговорен к каторжным работам на неизвестной, пережившей ядерную катастрофу, планете, где ему противостоят люди, мутанты, боевая техника и сама природа чуждого и враждебного мира. Игровой мир населяют существа из фантастической вселенной "Обитаемого острова": люди - простые каторжники и солдаты Боевой Гвардии; выродки - жертвы радиационного излучения; роботы - стационарные огнеметные, пулеметные и минометные башни, а также мобильные боевые машины. Искалеченная природа полна неприятных сюрпризов: жидкость в водоемах радиоактивна, среди инопланетной растительности встречаются цветы, атакующие чужака облаками ядовитого газа, естественные складки рельефа заполняет черная субстанция синтетических болот.

Хироси Такаги просыпается в больнице и узнает, что в результате автокатастрофы пострадала его память. Поначалу он даже не может вспомнить лица родителей. Когда Хироси возвращается для окончательного выздоровления домой, в нем снова пробуждается интерес к медицине и в итоге он поступает в медицинский институт, где знакомится с образцовой студенткой Икуми Есимото. Приходит время занятий по препарированию трупов. Врач призывает студентов всегда верить своим глазам, внимательно смотреть на то, что они видят, и делать из этого выводы. Хироси с увлечением приступает к этим занятиям, отважно встретив суровую реальность разрезания человеческих тел. Но память - это хрупкая и сложная субстанция. Полной противоположностью его занятиям, основанным на фактах и реальности, становится то, что Хироси начинает "являться" молодая женщина. Иногда они находятся в его комнате, в остальных случаях - на пляже или в залитом солнечным светом лесу. В это же время Икуми пытается завоевать расположение Хироси и тоже проводит с ним много времени. По мере того, как память Хироси восстанавливается, он понимает, что тело, лежащее на столе для препарирования, и женщина, которая "является" ему, - это Риоко, его бывшая девушка. Он начинает посещать родителей Риоко. Некоторые из деталей представляют собой смесь подлинных воспоминаний и историй о том, как она ему "являлась". Икуми ревнует к прошлому Хироси и к его отношениям с Риоко в настоящем. В попытках достучаться до чувств Хироси она доходит до саморазрушения. Проходит время, и курс по препарированию тел почти завершен. Хироси должен смириться с тем, что физическое тело Риоко кремировано, но он хочет сказать ей, когда она ему "явится", что он останется с ней навеки.